Hotel Acacia ligger i Puerto Ayora og har have, fælles opholdsstue, terrasse og bar. Hotellet har spabad, concierge-service og gratis wi-fi overalt. Samtlige værelser på hotellet har skrivebord.
Hotel Palace Galapagos ligger i centrum af Puerto Ayora, 200 m fra et kommercielt område og 1,3 km fra Charles Darwin Station. Der serveres morgenbuffet.
Hotel La Casa de Judy tilbyder indkvartering med gratis WiFi i Puerto Ayora. Der er bar på stedet. Værelserne på Hotel La Casa de Judy har aircondition og fladskærms-tv.
Hotel Solymar er et middelhavsinspireret hotel beliggende ved Pelican-bugten i hjertet af Puerto Ayora, blot få minutter fra Charles Darwin Station. Der er bar på stedet samt udendørs pool.
Hotel Cucuve ligger i Puerto Ayora og har snackbar og gratis økologisk kaffe. Der er gratis WiFi overalt på ejendommen.
Hostal Casa Edén ligger i Galápago, blot 950 m fra stranden. Der er smuk have, terrasse og gratis wi-fi overalt. Samtlige værelser har tv, aircondition og balkon.
Hotel Flamingo ligger i Santa Cruz og har restaurant. Gæsterne tilbydes gratis WiFi og en daglig mini-morgenbuffet, samt en række restauranter og butikker inden for 2 minutters gang.
Galapagos Bed & Breakfast ligger på Galapagos-øerne i Puerto Ayora, 5 minutters gang fra havnefronten, og tilbyder værelser med egen balkon og hængekøje.
Hotel Santa Fe ligger i Puerto Ayora og tilbyder udendørs swimmingpool, terrasse, gratis trådløs internetadgang samt morgenmad.
Gæsterne på Semilla Verde Boutique Hotel tilbydes ægte traditionel gæsteoplevelse på øen Santa Cruz. Det ligger kun 12 minutters kørsel fra Puerto Ayora.